薬剤師の平均年収は566万円。手取りはいくら？額面との差を埋める4つの控除

求人票に書かれているのは額面の年収で、実際に口座に入るのはそこから2割ほど引かれた金額です。この差がどこで生まれているのかがわかると、「もう少し稼ぐ」以外の手も見えてきます。

薬剤師の平均年収は566.8万円
同じ薬剤師でも、勤務先で年収は変わる
額面600万円なら、手取りは約463万円
差を埋めるのは、転職より先に「控除」
まとめ
もっと具体的に整理したい方へ

薬剤師の平均年収は566.8万円

厚生労働省の職業情報提供サイト（job tag）が賃金構造基本統計調査をもとに公表している数字では、薬剤師の平均年収は566.8万円、平均年齢は40.1歳です。看護師は524.7万円（42.1歳）、保健師は551.4万円（42.4歳）でした。

この「令和7年調査」は、2025年6月分の賃金と、2024年1年間の賞与を合わせた集計です。公表は2026年3月でした。

出典：厚生労働省「職業情報提供サイト（job tag）」薬剤師・看護師・保健師（令和7年賃金構造基本統計調査より）

同じ薬剤師でも、勤務先で年収は変わる

職種の平均より実感に近いのが、中央社会保険医療協議会の医療経済実態調査です。常勤職員1人あたりの平均年収（令和6年度）は次のようになっています。

勤務先	常勤薬剤師の平均年収
一般病院（全体）	581万円
一般診療所（医療法人）	661万円
保険薬局（法人）の薬剤師	480万円
保険薬局（法人）の管理薬剤師	726万円

同じ保険薬局でも、管理薬剤師とそうでない場合で246万円の差があります。転職を考えるときは、職種の平均年収より、この「どこで・どの立場で働くか」のほうが効いてきます。

出典：厚生労働省・中央社会保険医療協議会「第25回医療経済実態調査（医療機関等調査）」2025年11月公表（令和6年度の数値）

額面600万円なら、手取りは約463万円

額面から引かれるのは、社会保険料・所得税・住民税の3つです。年収600万円の方を例に計算すると、次のようになります。

引かれるもの	率（本人負担）	金額の目安
健康保険料	4.95%	約29.7万円
厚生年金保険料	9.15%	約54.9万円
雇用保険料	0.5%	約3万円
所得税	課税所得により	約18.7万円
住民税	所得割10%	約30.8万円
手取り	—	約463万円（77%）

前提は、40歳未満（介護保険料なし）、協会けんぽの令和8年度の全国平均料率9.90%、扶養家族なし、生命保険料控除などの上乗せなし、月給50万円×12か月として計算しています。40歳以上になると介護保険料（本人負担0.81%）が加わり、手取り率は0.6ポイントほど下がります。

出典：全国健康保険協会「令和8年度保険料率」／日本年金機構「令和8年度厚生年金保険料額表」／厚生労働省「令和8年度の雇用保険料率」／国税庁タックスアンサーNo.1410・No.1199／総務省「個人住民税」

差を埋めるのは、転職より先に「控除」

iDeCo（小規模企業共済等掛金控除）

掛けた全額が所得から引かれます。勤務先に企業年金がない会社員は月2.3万円、企業型確定拠出年金や確定給付企業年金がある方・公務員は2024年12月から最大月2万円になりました（それ以前の月1.2万円という情報は古いものです）。さらに2026年12月からは、企業年金がない会社員は月6.2万円、企業年金がある方は企業年金の掛金と合わせて月6.2万円まで枠が広がります。